De acordo com o evangelista São Lucas, o único dos quatro que refere com detalhe o nascimento de Jesus, este teria nascido numa manjedoura, “por não haver para eles lugar na hospedaria”. Teria sido, por isso, que o nascimento de Jesus Cristo ficaria para sempre associado ao local onde os animais se alimentavam e abrigavam. Sendo por essa razão que a origem da palavra presépio é precisamente estábulo.
Ainda que pelo menos desde o século IV se encontrem relevos e pinturas que representam o momento do nascimento de Cristo, seria só, a partir do século XIII, que o presépio se terá vulgarizado como o conhecemos actualmente, graças à intervenção de São Francisco de Assis (1182-1226). Fundador da ordem mendicante dos Frades Menores, a qual fazia apologia da pobreza, da pregação itinerante, não fixada em mosteiros e da imitação da vida de Cristo, nomeadamente através de seguir a preceito os Evangelhos e do amor ao próximo.
No Natal de 1223, em vez de o festejar na Igreja, como acontecia, S. Francisco fê-lo na floresta de Greccio, na região do Lácio. Para aí transportou uma manjedoura, um boi e um burro, para melhor explicar o Natal e a celebração do nascimento de Jesus às pessoas comuns.
Este costume ter-se-ia espalhado ao longo da Idade Média nos diversos locais de culto, bem como em casas dos principais aristocratas europeus. Destaca-se o presépio da Duquesa de Amalfi, que foi montado em 1567, constituído nada mais, nada menos, por 116 figuras.
Em Portugal, teria sido, sobretudo, com o Barroco que o presépio teria conhecido maior expressividade. De facto, este movimento artístico atingiu o seu apogeu artístico no reinado de D. João V e fazia a exaltação dos sentidos, contrastando com os ideais de despojamento que caracterizava o Protestantismo. Os presépios barrocos portugueses, ainda que com algumas influências italianas, nomeadamente de Nápoles, constituíam uma verdadeira originalidade da arte escultórica portuguesa, destacando-se nomes incontornáveis como Joaquim Machado de Castro, António Ferreira e Barros Laborão.
Novo fulgor conheceria já em pleno século XX, nomeadamente durante o Estado Novo, com as Escolas de Artes e Ofícios, nas quais se destaca a de Estremoz, em particular a do curso de Olaria, criada com o intuito de revitalizar a arte dos bonecos em barro.