Foram descobertas nada mais, nada menos, do que 600 ossadas no convento de São Francisco, em Coimbra. Este convento, situado no sopé da Colina de Santa Clara, onde se situa um outro convento desse nome, teve a sua origem em 1602, sob ordem do bispo de Coimbra, D. Afonso de Castelo Branco. Foi habitado a partir de 1609 pela Ordem de São Francisco, ramo masculino, muito embora a presença desta ordem nesta cidade remontasse ao século XIII. Com a extinção das ordens religiosas, após a instauração da monarquia constitucional, o edifício e a cerca que o rodeava foram vendidos em hasta pública e arrematados por um particular, acabando por ir parar às mãos da Câmara Municipal apenas em 1995. O edifício encontra-se desde 2010 em obras de reestruturação, com o objectivo de o tornar num Centro de Convenções e Espaço Cultural, capaz de albergar uma sala de espectáculos variados, sendo o responsável da obra o Arquitecto Carrilho da Graça.
As ossadas descobertas de 600 indivíduos foram encontradas quase por acaso, por não existirem quaisquer registos desses enterramentos. Além disso, reúnem um conjunto de características que as tornam singulares. Foram datadas como tendo cerca de 200 anos e encontradas em várias valas comuns, em que diversos indivíduos terão sido enterrados simultaneamente, não correspondendo a nenhum dos cânones católicos que seriam de esperar, sobretudo num convento. Para além disso, todas as ossadas correspondem a jovens adultos, do sexo masculino, entre os 20 e os 30 anos. A estrutura esquelética desses indivíduos apresenta-se bastante robusta, o que indicia uma actividade física intensa. Finalmente, as indumentárias envergadas parecem ser bastante semelhantes, havendo uma variação de três vestimentas, como se pode constatar pelos botões em metal e madeira, aparentando-se tratar de uniformes militares.
Pensa-se que se tratem de militares falecidos nas guerras peninsulares, ou seja, as invasões francesas, por parte de Napoleão a Espanha e Portugal. O ataque a Portugal devia-se sobretudo ao bloqueio continental que França decretara contra a Inglaterra, pelo que Portugal deveria também fechar os seus portos à navegação britânica e declarar guerra a esta nação. No entanto, a Grã-Bretanha era a aliada histórica de Portugal. Perante a eminente ofensiva francesa em território Nacional, a família Real embarca para o Brasil e uma junta governativa segue os destinos portugueses, que não consegue impedir três invasões dos exércitos franceses. Terá sido a terceira dessas invasões que terá tido implicações com o convento de S. Francisco e, consequentemente, com os achados arqueológicos agora descobertos. Com efeito, a terceira invasão ocorreu em 1810, através do nordeste português, cerca de 65 mil homens comandados pelo Marechal Andrea Massena. A praça de Almeida, no distrito da Guarda, junto à fronteira, foi conquistada pelas tropas francesas, que se dirigiam para Lisboa. Todavia, o exército de Massena foi derrotado na Batalha do Buçaco, a 27 de Setembro desse mesmo ano, pelas tropas luso-inglesas, compostas de pouco mais de 52 mil homens de ambas as nacionalidades, liderados por Arthur Wellesley, que mais tarde recebeu o título de Duque de Wellington. Vários soldados foram feridos, tendo ficado hospitalizados no então Convento de Santa Clara em Coimbra, onde havia sido montado o quarter-general francês. Parte do exército de Massena prosseguiu, no entanto, para Lisboa, alcançando as então recém construídas Linhas de Torres, cercando a cidade, mas saindo derrotado.
Pensa-se, portanto, que os 600 esqueletos encontrados correspondem aos corpos dos soldados franceses feridos em combate. De acordo com as fontes francesas coevas, teria existido um massacre desses soldados franceses instalados em Coimbra, que teriam morrido às mãos de uma população revoltosa, tendo perecido entre 600 e 800 pessoas. Já as fontes documentais inglesas, para o mesmo período, embora sejam unânimes relativamente à existência de uma vindicta popular, sugerem quantitativos infimamente inferiores, entre as 6 e 8 pessoas.
Ainda não sendo possível apurar com certezas a veracidade destas suspeitas, a investigação irá continuar, levantando certamente a novas questões sobre esse período, no qual, em solo português, se decidiram os destinos da Europa de então.
